L'etapa d'educació secundària obligatòria s'organitza en matèries i comprèn dos cicles: el primer de tres cursos escolars i el segon d'un. Les matèries s'organitzen en blocs d'assignatures:
1) Troncals, els continguts comuns per a tot l'alumnat, que ha de cursar obligatòriament. Al seu torn, poden ser:
- Matèries generals: comuns per a tot l'alumnat.
- Matèries d'opció: a 3r i 4t hi ha algunes matèries troncals d'entre les que els estudiants han de triar.
2) Específiques que al seu torn, poden ser:
- Obligatòries per a l'alumnat: les matèries Educació Física i Religió o Valors Ètics, han de ser cursades per tots els alumnes i les alumnes, tots els cursos.
-De opció: l'alumnat podrà triar entre 1 i 4 assignatures, en funció de la programació i regulació que estableixi cada Administració educativa i centre docent.
3) De lliure configuració autonòmica, el disseny curricular és competència de les diferents administracions educatives. Entre elles s'inclourà la matèria Llengua Cooficial i Literatura, quan sigui procedent.
Pares, mares o tutors legals, o si escau l'alumnat, podran escollir cursar el quart curs d'Educació Secundària Obligatòria per una de les dues opcions següents:
-Opció d'ensenyaments acadèmiques per a l'alumnat que vulgui continuar estudis de Batxillerat.
-Opció d'ensenyaments aplicades per a l'alumnat que vulgui continuar estudis de Formació Professional.
Avaluació i promoció
L'avaluació del procés d'aprenentatge de l'alumnat d'Educació Secundària Obligatòria serà contínua, formativa i integradora. L'alumnat de curs quan hagi superat totes les matèries cursades o tengui avaluació negativa en dues matèries com a màxim, sempre que no siguin Llengua i Literatura (castellana o valenciana) i Matemàtiques de forma simultània, i repetirà curs quan tinga avaluació negativa en tres o més matèries. A aquests efectes, només es computaran les matèries que com a mínim els estudiants han de cursar en cada un dels blocs. De forma excepcional, podrà autoritzar-se la promoció de l'alumnat amb avaluació negativa en tres matèries quan es donin certes condicions. Les decisions referent a això seran adoptades de forma col·legiada pel conjunt del professorat dels alumnes i les alumnes, atenent a l'assoliment dels objectius i al grau d'adquisició de les competències corresponents. Es podrà repetir el mateix curs una sola vegada, i dues vegades com a màxim dins de l'etapa.
El títol de graduat
El títol de graduat en educació secundària obligatòria permetrà accedir als ensenyaments postobligatoris. L'alumnat que cursi educació secundària obligatòria i no obtingui el títol rebrà un certificat oficial en què constarà el nombre d'anys cursats, així com el grau d'assoliment dels objectius de l'etapa i d'adquisició de les competències corresponents.
Les administracions educatives poden establir mesures d'atenció personalitzada dirigides a aquells alumnes que, havent superat totes les matèries d'Educació Secundària Obligatòria, no hagin obtingut el títol per no haver superat l'avaluació final.